论文
Common anti-cancer therapies induce somatic mutations in stem cells of healthy tissue
https://www.nature.com/articles/s41467-022-33663-5#Sec18
今天的推文我们重复一下论文中的Figure1a，看起来非常像一个表格，很有意思
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我们使用ggplot2来实现，主要分为三个部分，文本，形状，和背景的灰色条
首先是文本的部分数据截图
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形状的三个数据截图
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背景灰色条数据截图
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总共5份数据，放在同一个excel文件里，5个不同的子表格
读取数据并作图
library(readxl) library(ggplot2) library(stringr) library(tidyverse) dat01<-read_excel("data/20221009/example_data.xlsx", sheet = "Sheet1") dat01 %>% mutate(label01=case_when( length(label) == 7 ~ str_pad(label,8,"right"), TRUE ~ label )) -> new.dat01 new.dat01 dat02<-read_excel("data/20221009/example_data.xlsx", sheet = "Sheet2") dat02 dat03<-read_excel("data/20221009/example_data.xlsx", sheet = "Sheet3") dat03 dat04<-read_excel("data/20221009/example_data.xlsx", sheet = "Sheet4") dat04 dat05<-read_excel("data/20221009/example_data.xlsx", sheet = "Sheet5") dat05 x_labels<-c("","Age","Normal\nTissue","Tissue\nSubtype", "Treatment\ntype","Treatment\ncycli", "Sampling after\ntreatment\n(months)", "Seqenced\nsamples") ggplot()+ scale_x_continuous(limits = c(0.5,8), breaks = 1:8, labels = x_labels, position = "top")+ geom_text(data=new.dat01,aes(x=x,y=y,label=label01))+ geom_point(data=dat02,aes(x=x,y=y,color=`Normal tissue type`), size=5)+ scale_color_manual(values = c("Colon"="#d38e91", "Liver"="#1f639a"))+ ggnewscale::new_scale_color()+ geom_point(data=dat03,aes(x=x,y=y,color=`Tissue subtype`), size=5)+ scale_color_manual(values = c("Descending colon"="#f6d65b", "Sigmoid"="#3eada2", "Rectum"="#eb553a", "Liver"="#206599"))+ ggnewscale::new_scale_color()+ geom_point(data=dat04,aes(x=x,y=y,color=Treatment), size=5,shape=15)+ scale_color_manual(values = c("5-FU + platinum"="#f49b5e", "5-FU + radiation"="#c44657", "5-FU + platinum + radiation"= "#89520e"))+ theme_bw()+ theme(axis.title = element_blank(), panel.grid = element_blank(), panel.border = element_blank(), axis.text.y = element_blank(), axis.ticks = element_blank(), axis.text.x = element_text(hjust=0.5,vjust=0.5))+ geom_rect(data=dat05, aes(xmin=-Inf,xmax=Inf,ymin=ymin,ymax=ymax), fill="gray",alpha=0.2) 
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