论文是
Environmental factors shaping the gut microbiome in a Dutch population
数据和代码的github主页链接
https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP
这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构
https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic
今天的推文重复一下论文中的 Extended Data Fig. 10
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论文中做数据计算和做这个图定义了一个很长很长的函数，这里只介绍作图代码，数据计算的过程我还看不懂
这里主要有两个数据，一个是热图颜色的数据，另外一个是加减号的文本数据，部分示例数据集如下
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读取数据
dat01<-read.csv("ExtendedFig10_01.csv", header=TRUE, row.names = 1) dat02<-read.csv("ExtendedFig10_02.csv", header=TRUE, row.names = 1) 他这里还设置了一些额外参数，我保存到abc.Rdata这个数据集里了，加载这个数据集
load("abc.Rdata") 作图代码
pheatmap(dat01, annotation_row = NULL, annotation_names_row = T, labels_row = rownames(dat01), legend = T, show_rownames = T, cluster_rows = clusterFeatures, cluster_cols = clusterPhenos, angle_col = 90, fontsize_number = textSize, border_color = "#EEEEEE", na_col = "white", fontsize = legendTextSize, treeheight_row = 0, treeheight_col = 0, legend_labels = "sig*log(p-value)", color = myColor, fontsize_col = colTextSize, fontsize_row = rowTextSize, display_numbers = dat02, breaks = myBreaks, cellwidth = cellWidth, cellheight = cellHeight, filename = NA) 
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这里参数有点多，就不在推文里介绍了，争取录制视频介绍吧
示例数据和代码可以在公众号后台回复 20220531 获取
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